أنكر الطيب مصطفى ما نسب إليه بذبحه ثورا أسود لحظة إعلان انفصال جنوب السودان غير أنه عاد واعترف بذبحه ثوراً عادياً ابتهاجاً بحدث (انفصال الجنوب). وقال الطيب مصطفى إنه ليس الانفصالي الوحيد في السودان، متهماً كل من : الروائي الطيب صالح والبروفيسور عبد الله الطيب وغيرهما بأنهما كانا من دعاة انفصال الجنوب، ورفض الطيب مصطفى اتهامه بظلم الجنوبيين بتبنيه الدعوة للانفصال والمجاهرة بها، وقال: (الظلم وين وهم عالة على الشمال)، وبشأن ارتباط الجنوبيين تاريخياً وجغرافياً بالسودان الشمالي سخر الطيب مصطفى من هذا الوصف حينما قال : (هي قطعة أرض وفقدناها)، رافضاً أن يكون الانفصال خسارة للسودان، وتابع بالقول : نتمنى لهم كل خير، ولكن توحيد (الشحمة والنار) صعب وغير منطقي، ومضى ليقول: لو كانت تشاد جزءاً من السودان وطالبت بالانفصال لرفضت لما بيننا من قيم مشتركة . وذهب الطيب ليقول: حتى الوحدة مع مصر ممكنة وأهم من الوحدة مع الجنوب وأفضل لي أن تكون الإسكندرية امتدادي.

صحيفة الأخبار